کتاب اینترنتی بیوانفورماتیک
از دانشنامه بیوانفورماتیک
شما هم اکنون در صفحه اختصاصی کتاب اینترنتی بیوانفورماتیک قرار دارید. این کتاب بیوانفورماتیک نام دارد .علت کلی بودن نام این کتاب به این دلیل میباشد که قرار است در حد امکان اکثر جنبه های این علم زیبا را در بر بگیرد .این کتاب با مجوز GFDL در دسترس می باشد . یعنی استفاده و تغییر محتویات این کتاب و نوشته ها بر اساس این قانون آزاد می باشد .
پس از تکمیل نسبی این کتاب بصورت فایل pdf در دسترس خواهد بود . در حال حاضر با استفاده از فهرست زیر ، کتاب را مطالعه کنید . شما نیز میتوانید در بهبود و تکمیل و اشکال زدایی این کتاب همکاری نمایید و اسم خود را به جمع نویسندگان آن اضافه کنید . برای این کار ابتدا در سایت عضو شوید و سپس نام خود را به لیست زیر اضافه کنید البته باید در ویرایش و درج مطلب فعال باشید. شعار این کتاب به امید مفید ترین بودن نه مهم ترین بودن
اگر در مورد مطالب نوشته شده سوالی دارید یا دنبال آموزش یا مطلب خاصی هستید حتما آن را در انجمن های اینترنتی پرتال بیوانفورماتیک مطرح کنید.
پیشنهاد میکنیم حتما مطالعه هدفمند بیوانفورماتیکی برای زیست شناسها را ببینید.
مولفان و مترجمان :
بابک باباعباسی، و....مولف بعدی شما باشید
فصل اول
[این فصل را در آدرس زیر ببینید http://ibp.ir/el/____Primary_Databanks_ims/index.html]
معرفی پایگاههای اطلاعاتی اولیه و ابزارهای جستجو در آنها
- مقدمه
- پایگاه دادهها چيست؟
- انواع پایگاه داده ها
- پايگاه دادهها در علوم زيستي
- پایگاههای اطلاعاتی اولیه دادههاي زيستي
- پایگاه های اطلاعاتی اولیه توالی DNA معرفی GenBank
- پايگاه دادههاي Refseq
- جستجوي متني تواليهاي نوكلئوتيدي
- پایگاه های اطلاعاتی اولیه توالیهاي پروتئیني ۱- پایگاه اطلاعات پروتئینی SwissProt
۲*- پایگاه اطلاعات پروتئینی (PIR (Protein Information Resource UniProt
- پايگاه دادههاي ساختار فضايي پروتئينها (PDB (Protein Data Bank
- سامانههاي بازيابي اطلاعات از پايگاه هاي دادهها 1- Entrez
2*-(SRS (Sequence Retrieval System
فصل دوم
این فصل را در آدرس زیر ببینید http://ibp.ir/el/____BLAST_ims/index.html
همرديفي توالي ها و جستجوي BLAST
- همرديفي دوگانه: (Pairwise Alignment)
- امتیازدهی جايگزينيها
- امتيازدهي حذف و اضافه نمودن توالي ها
BLAST* چگونه کار می کند؟
- انواع BLAST
فصل سوم
این فصل را در آدرس زیر ببینید http://ibp.ir/el/____Protein_Secondary_databanks_ims/index.html
معرفي پايگاههاي اطلاعاتي ثانويه و ابزارهاي جستجو در آنها
- مقدمه
- الف) تواليهاي توافقي (Consensus sequence):
- تواليهاي الگو و پروفايل: (Pattern & Profile sequences)
- مدل هاي ماركوف نهفته (Hidden Markov Models)
- ماتريكس امتيازي بر مبناي موقعيت: (Position Specific Scoring Matrix)
- بلوكهاي توالي (Blocks) و اثر انگشتها (Fingerprint)
- جستجوي همزمان در پايگاههاي اطلاعاتي ثانوي پروتئيني
- موقعيتيابي پروتئينها در سلول
فصل چهارم
این فصل را در آدرس زیر ببینید http://ibp.ir/el/_______Genome_Projects__Access_to_Their_Data_ims/index.html
معرفي پروژههاي ژنوم و راههاي دسترسي به اطلاعات آنها
- مقدمه
- تهيه نقشههاي ژنومي
- تهيه كتابخانههاي ژنومي
- تعيين تواليهاي ژنومي
- بهرهبرداري از پایگاه های اطلاعاتی ژنومی 1- استفاده از نرمافزار MapViewer
2- پایگاه ژنومی Ensemble ۳- پایگاه ژنومی UCSC Genome Browser
- پايگاه UniGene
- پايگاه RefSeq
- پايگاه Entrez Gene
- يكنواخت سازي نامگذاري ژنها
- تنوع ژنومي (Genome Diversity) پايگاه دادههاي آللهاي انسان يا OMIM
- پايگاه دادههاي SNP) Single Nucleotide Polymorphism)
- مقايسههاي ژنومي (Comparative Genomics)
- پایگاه های اطلاعات مقايسهاي ژنوم ها
- مسائل اخلاقي، مذهبي و حقوقي پروژههاي ژنوم
فصل پنجم
این فصل را در آدرس زیر ببینید http://ibp.ir/el/5_Transcriptomics_ims/index.html
ترانسكريپتوميكس
- مقدمه
- شناسايي تواليهای قابل رونویسی
- دسترسي به دادههاي ترانسکریپتومیکس
- سنجش ميزان بيان ژنها
- دسترسي به دادههاي بيان ژنها
References*
فصل ششم
این فصل را در آدرس زیر ببینید http://ibp.ir/el/_6_-__Proteomics_ims/index.html
پروتئوميكس
- مقدمه
- جداسازی پروتئین ها
- شناسایی پروتئین ها
- تعیین ویژگی های پروتئینها
- روش طيفسنجي جرمي
- شناسایی تغییرات پس از ترجمه
- دسترسي به دادههاي پروتئومیکس پایگاه SWISS-2DPAGE
- پايگاه PeptIdent
- پايگاه دادههاي جرمهاي پپتيدي Mascot
- پايگاه دادههاي جرمهاي پپتيدي FindMod
- بیشتر بدانید
فصل هفتم
این فصل را در آدرس زیر ببینید http://ibp.ir/el/_7_-__Metablolomics________System_Biology_ims/index.html
متابولميكس و سیستم بیولوژی
- مقدمه
- پایگاه KEGG
- اطلس هاي متابوليسمي و نقشه های ژنومی
- مسیر های متابولیمسی ExPASy
محل طرح سوالات و مشکلات
- سوالات و مشکلات خود را در رابطه با هر قسمت از کتاب میتوانید در انجمن اینترنتی پرتال بیوانفورماتیک ایرانیان به آدرس زیر مطرح کنید
www.ibp.ir/f
- این کتاب الکترونیکی توسط پرتال بیوانفورماتیک ایرانیان انتشار یافته است و هر گونه انتشار این نسخه الکترونیکی به صورت چاپی ممنوع میباشد
- کاری از بابک باباعباسی
babakbabaabasi@gmail.com
